У зв'язку з різноманіттям видів живлення і переважанням катаболічних реакцій розщеплення в організмі гетеротрофів утворюються і видаляються дуже різні речовини.
 
Такими сполуками можуть бути:
  • кінцеві продукти окиснення — вуглекислий газ і вода;
  • надлишок води і солей;
  • отруйні сполуки, що надійшли до організму з їжею або утворилися під час реакцій (наприклад, токсини);
  •  кінцеві продукти обміну білків — амоніак, сечовина;
  • чужорідні речовини (наприклад, отрутохімікати, радіонукліди).
Виділення з організму може здійснюватися шляхом дифузії (у грибів, твариноподібних організмів, бактерій) або за участі спеціальних видільних органів (видільні трубочки (протонефридії  — у плоских червів, метанефридії — у кільчастих червів), зелені залози — у ракоподібних, мальпігієві трубочки — у комах, нирки — у ссавців).
 
Своєрідним способом виділення є відкладання переведених у важкорозчинну форму продуктів обміну в клітинах тіла.
 
Для гетеротрофів важливим видом обміну речовин є обмін білків. У ньому кінцевими продуктами є нітрогеновмісні сполуки — амоніак, сечовина, сечова кислота, які швидко видаляються з організму. Досить часто у зв'язку з потребами економії води легкорозчинні амоніак і сечовина замінюються на важкорозчинні речовини, якими є гуанін (наприклад, у павуків) або сечова кислота (наприклад, у комах, плазунів, птахів).
Завершальний етап обміну речовин і енергії у гетеротрофів також має свої особливості, якими є наявність нітрогеновмісних кінцевих продуктів і спеціалізованих органів виділення.
Обмін речовин у гетеротрофних організмів — це обмін, що характеризується надходженням готових органічних речовин, які є джерелом вільної хімічної енергії, Карбону, Гідрогену та Нітрогену, переважанням у клітинах катаболічних реакцій розщеплення цих речовин, вторинним синтезом власних органічних сполук.
Джерела:
Біологія і екологія (рівень стандарту): підруч. для 10 кл. закл. заг. серед. освіти / В. І. Соболь. – Кам’янець-Подільський : Абетка, 2018. с. 102.