Одним із найважливіших наслідків забруднення води є те, що потрапляючи у водойми, забруднювачі погіршують її якість.
Якість природної води — це сукупність фізичних, хімічних, біологічних і бактеріологічних показників, що зумовлюють придатність води для використання.
Порушення якості води виявляється у зміні її фізичних властивостей (прозорості, запаху, присмаку) та хімічного складу (кислотності, кількості домішок, вмісту отруйних речовин), у зменшенні вмісту кисню, зміні кількості та видового складу мікроорганізмів, появі хвороботворних бактерій.
Природні води забруднюються наслідок посилення впливу людини: безсистемна господарська діяльність, надмірне використання водних ресурсів, замулення, забруднення та заростання річок, недотримання режиму господарювання на прибережних захисних смугах. Передусім на водні ресурси впливає забруднення промисловими та комунальними стічними водами.
 
Оцінювання якості природних вод здійснюють трьома способами: фізико-хімічним, бактеріологічним і біологічним. Метод оцінювання якості води за видовим складом і показниками кількісного розвитку видів-індикаторів і структури утворюваних ними угруповань називається біоіндикацією.
Охорона водойм — сукупність заходів, спрямованих на запобігання забрудненню та виснаженню вод.
Основними заходами охорони водойм є:
  • правові — дотримання природоохоронних законів, нормування якості води, державний моніторинг вод;
  • організаційні — створення санітарних зон, прибережних захисних смуг;
  • економічні — технології очищення стічних вод, оборотного водопостачання;
  • соціальні — виховання бережливого ставлення до води, екологічна освіта.
Для ефективного, науково обґрунтованого використання вод та їх охорони від  забруднення й засмічення в Україні прийнято низку державних документів, серед яких «Водний кодекс України», Закон України «Про питну воду, питне водопостачання та водовідведення». 
Перед людством постало важливе завдання охорони гідросфери та збереження рівноваги в біосфері.
Джерела:
Біологія і екологія (рівень стандарту): підруч. для 11 кл. закл. заг. серед. освіти / В.І. Соболь. —  Кам'янець-Подільський: Абетка, 2019. с.190.