Функціонування екосистем — це сукупність екологічних процесів, що завдяки внутрішнім та зовнішнім екологічним зв'язкам забезпечують існування та розвиток екосистеми в часі.
Процеси зв'язування, перетворення й накопичення сонячної енергії, поглинання й передача поживних речовин ланцюгами живлення, нагромадження й вивітрювання гірських порід — ці та багато інших важливих для біосфери явищ відбуваються в конкретних екосистемах. І саме у функціонуванні екосистем проявляється їхня головна еволюційно вихідна спільна функція — засвоєння, перетворення та й передача речовин, енергії та інформації.
 
Функціонування екосистем відбувається завдяки структурним внутрішнім зв'язкам між компонентами та зовнішнім зв'язкам між екосистемами. Усім екосистемам притаманні й спільні властивості, а саме:
  • цілісність — властивість, що забезпечується тісними зв'язками організмів між собою та середовищем існування; спільним і загальним інтегруючим чинником екосистем, що об'єднує їхні складники в єдину систему, є потік речовин, енергії та інформації;
  • стійкість — властивість, що є результатом тривалої та глибокої коеволюції живих організмів та їх усталених відносин з компонентами неживої природи;
  • саморегуляція — властивість відновлювати динамічну рівновагу, що проявляється в коливаннях кількісних та якісних показників біопродуктивності, способів і швидкості біогенного кругообігу речовин і потоків енергії навколо певних оптимальних значень (наприклад, масове розмноження гризунів призводить до збільшення чисельності хижаків і паразитів, які зменшують чисельність популяції, а це веде до зменшення популяції хижаків, і динамічна рівновага в біоценозі відновлюється);
  • самоорганізація системи — це властивість екосистеми впорядковувати внутрішню структуру і функціонування, що забезпечується механізмами саморегуляції.
Спільними ознаками екосистем, що зазвичай використовують для її екологічної характеристики, є:
  • видова різноманітність і склад живих організмів;
  • структура екосистеми, тобто співвідношення в екосистемі різних груп організмів;
  • біологічна продуктивність, що оцінюється за розмірами первинної та вторинної біомаси;
  • ланцюги живлення та розгалуженість трофічної мережі, що забезпечують потік енергії через екосистему та швидкість кругообігу речовин;
  • мінералізація органічних решток.
Екосистеми, незважаючи на свою різноманітність, мають подібні структуру, функції, властивості та ознаки, що визначаються їх походженням та еволюційним призначенням.
Джерела:
Біологія і екологія (рівень стандарту): підруч. для 11 кл. закл. заг. серед. освіти / В.І. Соболь. —  Кам'янець-Подільський: Абетка, 2019. с.152-153.