Оскільки атом Оксигену є більш електронегативним, ніж атоми Гідрогену, що сполучені з ним, спільні електронні пари зміщуються до атома Оксигену.
 
Зв'язки між атомами H і O є полярними. На кінці молекули, де містяться ядра атомів Гідрогену, утворюється частково позитивний заряд  — δ+. Біля атомів Оксигену — частково негативний заряд — δ. Таким чином утворюється диполь.
Диполь — це система двох зарядів (δ+ і δ), протилежних за знаком, але однакових за величиною.
Таку молекулу називають полярною.
 
Полярність молекул води впливає на її властивості. Молекули води притягуються одна до одної внаслідок електростатичної взаємодії атомів H і O різних молекул.
Таку взаємодію називають водневим зв'язком. Водневий зв'язок позначають крапками.
Водневий зв'язок утворюється не тільки між молекулами води, але і в інших сильно полярних молекулах, наприклад у амоніаку, чи гідроген хлориду. Механізм утворення такого зв'язку полягає у сполученні атомів Гідрогену з атомами інших сильно електронегативних елементів (Хлору, Нітрогену, тощо).
 
Водневий зв'язок між молекулами води:
 
HO|HHO|HHO|H.
 
 
Водневий зв'язок між молекулами амоніаку:
 
HN|HH|HN|HH|
Водневий зв'язок — це зв'язок між атомами Гідрогену і атомом більш електронегативних елементів тієї самої речовини.
Водневий зв'язок значно слабший, ніж ковалентний або йонний, проте він суттєво впливає на фізичні властивості речовин.
Вода — добрий розчинник багатьох речовин. Процеси розчинення зумовлені водневими зв'язками.