Органи молюсків об'єднані у системи: травну, дихальну, кровоносну, нервову, видільну, статеву.
Травна система залежить від типу харчування молюсків.
Ротова порожнина часто містить язик із зубчиками — «тертку». Вона переходить у глотку, а потім — у стравохід, який веде у шлунок і кишечник. У нього впадають протоки травної залози. Неперетравлені залишки їжі викидаються через анальний отвір.
Молюски, що живуть у воді дихають зябрами, а наземні — легенями.
Деякі водні молюски (наприклад, прудовики) також дихають легенями, періодично піднімаючись до поверхні води, щоб вдихнути.
До кровоносної системи належать серце (орган, що забезпечує рух крові по судинах і порожнинах тіла) і судини. Серце зазвичай складається з трьох камер: одного шлуночка і двох передсердь (у Черевоногих — дві камери: передсердя і шлуночок).
Молюски мають незамкнуту кровоносну систему (за винятком головоногих). Це означає, що кров тече не тільки по кровоносних судинах, а й у спеціальних порожнинах між органами, після чого кров знову збирається у судини і надходить у зябра або легені для збагачення киснем.
Молюски мають незамкнуту кровоносну систему (за винятком головоногих). Це означає, що кров тече не тільки по кровоносних судинах, а й у спеціальних порожнинах між органами, після чого кров знову збирається у судини і надходить у зябра або легені для збагачення киснем.
Нервова система відрізняється за рівнем складності і найбільш розвиненою є у головоногих молюсків.
Вона складається з декількох пар добре розвинених нервових вузлів, розташованих у різних частинах тіла, і нервів, що відходять від них. Така нервова система називається розкидано — вузлового типу.
Органами чуттів більшості молюсків є очі, щупальця (органи дотику), органи рівноваги та хімічного чуття.
Органи виділення молюсків — одна або дві нирки, видільні отвори яких відкриваються у мантійну порожнину.
Молюски розмножуються виключно статевим шляхом. Більшість з них є роздільностатевими, але зустрічаються і гермафродити. Розмножуються молюски, відкладаючи запліднені яйця. Запліднення у молюсків буває зовнішнє (наприклад, у устриці і беззубки) і внутрішнє (у виноградного равлика).
Із заплідненого яйця розвивається або личинка, яка веде планктонний спосіб життя (вітрильник), або сформований маленький молюск.