За фенотипом не завжди можна визначити, який генотип має дана особина. Генотип може бути невідомий при повному домінуванні: домінантна гомозигота і гетерозигота мають однакові ознаки. Наприклад, горох з жовтими насінням може мати генотипи \(AA\) і \(Aa\).
Аналізуючим називають схрещування особини, що має невизначений генотип (\(AA\) або \(Aa\)), з рецесивною гомозиготною особиною (\(aa\)).
Особина з рецесивними алелями утворює гамети тільки одного типу (\(a\)). На фоні рецесивних алелей стають «видно» аллели аналізованого організму, оскільки розщеплення за фенотипом збігається з розщепленням за генотипом. Це дозволяє визначити невідомий генотип.
 
Розглянемо хід аналізуючого схрещування. Є особина з домінантним фенотипом і невідомим генотипом \(A_\) (замість знака «\(_\)» може бути аллель \(a\) або \(A\)). При схрещуванні з рецесивним екземпляром \(aa\) можливі два випадки:
  1. Якщо усі гібриди першого покоління мають домінантний фенотип, то у досліджуваного екземпляра — генотип \(AA\), оскільки він утворює гамети одного типу — з домінантним алелем \(A\). З рецесивним алелем \(a\) аналізатора утворюються лише генотипи \(Aa\).
     
    аналіз1.png
  2. Якщо половина гібридів першого покоління має домінантну ознаку, а половина — рецесивну, то генотип батька — \(Aa\), оскільки він утворює гамети двох типів у рівних кількостях — з алелем \(A\) і алелем \(a\). При поєднанні з рецесивним алелем аналізатора утворюються генотипи \(Aa\) і \(aa\), що мають різний фенотип.
     
    аналіз2.png
Якщо у потомства від аналізуючого схрещування не спостерігається розщеплення, то досліджуваний організм є гомозиготним (\(AA\)).
 
Якщо утворюється потомство двох фенотипних класів у співвідношенні \(1\)\(:\)\(1\), то досліджуваний організм є гетерозиготним (\(Aa\)).