У членистоногих наявні травна, кровоносна, дихальна, видільна, нервова і статева системи органів.
Травна система у членистоногих складається з переднього відділу (рот, глотка, стравохід, шлунок), середнього і заднього відділів кишечника, який закінчується анальним отвором.
У середній відділ кишечника у павукоподібних і комах впадають протоки печінки, або особливих трубчастих придатків — мальпігієвих судин.
Органи видільної системи членистоногих є різними:
- у тварин класу Ракоподібні — це зелені залози, протоки яких відкриваються біля основи вусиків;
- у тварин класів Павукоподібних і Комах — мальпігієві судини.
Дихальна система членистоногих залежить від їх середовища існування:
- у водних членистоногих (ракоподібних) органами дихання є зябра;
- у павукоподібних — легеневі мішки і трахеї, які сполучаються із зовнішнім середовищем через дихальні отвори;
- у комах — органами дихання є дуже тоненькі дихальні трубочки — трахеї.
Кровоносна система є незамкненою і складається з серця (міститься у спинній частині тіла) і кровоносних судин, що відходять від нього. Серце є трубчастим, складається з декількох камер.
Нервова система членистоногих є подібною до нервової системи представників типу Кільчастих червів — вузлового типу (навкологлоткове нервове кільце і черевний нервовий ланцюжок).