Травна система
Травна система плазунів так само, як і в інших хребетних тварин, представлена травним трактом і залозами.
Травний тракт: рот — глотка — стравохід — шлунок — кишечник (тонкий, товстий, з'являється зачаток сліпої кишки) — клоака.

У роті містяться зуби, які зростаються з кістками, і довгий, м'язистий язик.
У змій є отруйна залоза, яка виділяє отруту. Отрути змій за своїм впливом поділяються на ті, що згортають кров (наприклад, у гадюк) і вражають нервову систему (наприклад, у кобр).

Травні залози — виділяють речовини (ферменти), необхідні для перетравлення їжі:
- слинні залози — виділяють слину;
- печінка — виділяє жовч;
- підшлункова залоза — виділяє панкреатичний сік.
Дихальна система
Дихальна система представлена органами дихання — легенями і розвиненими повітроносними шляхами — гортанню, трахеєю, бронхами.
У змій є тільки одна легеня (у зв'язку з витягнутою формою тіла).
Кровоносна система
Кровоносна система плазунів — замкнута, складається з серця і судин.
Є два кола кровообігу.
Є два кола кровообігу.

На відміну від серця земноводних, у шлуночку серця плазунів є перегородка. Вона є неповною, тому кров у шлуночку змішується.
До клітин органів і тканин у всіх плазунів надходить змішана кров, тому у цих тварин відносно низький рівень обміну речовин (рептилії — холоднокровні тварини, тобто вони не підтримують постійну температуру тіла).
Серце у більшості представників — трикамерне, з неповною перегородкою (у крокодилів серце чотирикамерне).