Травна система хрящових риб є добре диференційована на відділи. Органом захоплення і утримання здобичі є щелепи, рот (з зубами) — глотка — стравохід — шлунок — кишечник (тонка, товста та пряма кишки) — клоака. У кишечник відкриваються протоки печінки і підшлункової залози — їх соки допомагають травленню їжі у кишечнику. Більшість акул є хижаками.
Органи дихання хрящових риб є зябра. Дихальна система міститься в області глотки. У глотці є зяброві щілини, розділені міжзябровими перегородками, на яких є зяброві дуги.
Кровоносна система хрящових риб є замкнутою. Серце — двокамерне, складається з одного передсердя і одного шлуночка. Через серце проходить венозна кров (містить вуглекислий газ). Кров насичується киснем і стає артеріальною у зябрах.
Видільна система хрящових риб — пара нирок, які через сечоводи виводять непотрібні організму тварини речовини.
Нервова система складається з головного і спинного мозку (центральна нервова система) та нерви (периферична нервова система).
З органів чуттів найкраще розвиненими є орган нюху (складається з нюхових мішків, які відкриваються назовні ніздрями), очі, орган слуху (внутрішнє вухо), бічна лінія.